根据微生物的好氧量，可将生化处理分为好氧处理与缺氧处理两类，同时缺氧生化处理又可细分为兼氧处理和厌氧处理。
好氧生化处理是通过好氧微生物对废水的氧化分解来降低污水中的有机物，以达到污水处理的效果；而在兼氧生化处理过程中，微生物通过少量氧来实现对废水中的有机物进行降解，如果水中氧太多，兼氧微生物反而生长不好从而影响它对有机物质的处理效率。
对于COD浓度较高的废水可用兼氧微生物来进行处理，COD去除率一般在百分之五十到百分之八十；而好氧微生物在COD浓度较低的废水，也可以达到对COD百分之五十到百分之八十的去除率，当然这两种处理的时间都不太长，一般都在12-24小时。人们利用两者之间的差别和相同之处，将其组合起来，先用兼氧生化处理处理COD浓度较高的废水，再对处理后的COD浓度较低的污水进行好氧生化处理，这样不仅可以减少生化池的容积，还可以节省环保投资和日常的运行费用。
归根来说，两种处理的原理和作用是一样的。但还是有一些不同之处，例如：厌氧微生物的生长及降解有机物是不需要氧的，且厌氧微生物可适应更高COD浓度的废水。
